1、保護內容不同
著作權法保護形式，知識產權認證專利法保護創意思想。著作權法保護的是軟件的源代碼，軟件的核心內容--技術方案的創新可以申請專利，適用《專利法》來保護，這樣兩者結合使軟件得到更加完善的保護。
2、保護條件不同
著作權是自動取得，取得的時間以開發完成的時間為依據，一完成即自動取得著作權，受到著作權法的保護，對軟件的內容不進行任何的審查，（知識產權認證費用報價）無論軟件源代碼的寫得如何，即自動取得著作權/版權，受著作權法的保護。專利則必須符合專利申請的條件，需要向專利局申請，是否授予專利權需要專利局進行審查后審批。
3、保護時間不同
發明專利的保護時間為二十年，從申請日開始計算，但是受保護是在申請審批取得專利權之后，專利的審查的手續比較煩瑣，從申請到取得專利權證書一般要3年左右的時間。軟件著作權的保護時間為50年，從開發完成之日起就受版權保護。軟件在獲得專利權之前已經受到著作權法的保護，申請專利并不影響其受到著作權法的保護，有足夠的耐心去等待專利的審批。
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